Фотоальбом лаборатории ☍

Основные направления деятельности лаборатории

• Лаборатория молекулярной вирусологии признанного ВОЗ Национального центра по гриппу Российской Федерации является элементом Глобальной сети надзора за гриппом и принятия ответных мер (GISRS). Лаборатория осуществляет ПЦР-диагностику респираторных инфекций и генетический мониторинг вирусов гриппа, SARS-CoV-2 и других возбудителей острых респираторных вирусных инфекций (респираторно-синцитиальных вирусов, вирусов парагриппа человека, риновирусов, сезонных коронавирусов и аденовирусов). Объектом исследования является молекулярная эволюция респираторных вирусов различного происхождения (человека и животных, в том числе птиц и свиней).
• Лаборатория ведет мониторинг возникновения и распространения новых инфекций, заноса редких и(или) ранее не встречавшихся на территории Российской Федерации вирусов в рамках деятельности Референс-Центра по диагностике гриппа и острых респираторных вирусных инфекций (ОРВИ).
• В лаборатории ведется разработка протоколов NGS-секвенирования циркулирующих и вновь возникающих патогенов (на основе платформ MGI, Illumina и Oxford Nanopore), а также тест-систем для выявления респираторных патогенов и мутаций устойчивости к лекарственным препаратам.
• На базе лаборатории реализуются программы дополнительного профессионального образования по методам ПЦР и секвенирования как на базе института, так и с выездом на места.

Основные проекты

• Государственное задание «Комплексный подход для генетической характеристики и ранней идентификации патогенов с эпидемическим и пандемическим потенциалом на основе метагеномного секвенирования»
• Государственное задание «Молекулярно-эпидемиологическая характеристика современного гриппа»
• Государственное задание «Разработка реагентов для выявления мутаций устойчивости вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) к антиретровирусным препаратам методом полногеномного секвенирования»

Список ключевых публикаций

1. Mansour, O.; Fadeev, A.V.; Perederiy, A.A.; Zadirienko, M.I.; Danilenko, D.M.; Lioznov, D.A.; Komissarov, A.B. Genetic Diversity and Molecular Analysis of Human Parainfluenza Virus Type 3 in Saint Petersburg (Russia) in 2017–2023: Emergence of a New Phylogenetic Cluster. Viruses 2025, 17, 1197. doi: 10.3390/v17091197

2. Nabieva E., Klink G.V., Komissarov A.B., Zaitsev S. V., Sergeeva M.V, Fadeev A. V., Komissarova K., Ivanova A., Pisareva M., Kudrya K., Danilenko D., Lioznov D., Hisner R., Gueli F., Peacock T. P., Roemer C., Bazykin G. A. A highly divergent sample from a nearly-extinct SARS-CoV-2 lineage in a patient with long-term COVID-19. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2025, 25. doi: 10.3389/fcimb.2025.1623390.

3. Fadeev A.V., Ivanov Y.V., Petrova P.A., Perederiy A.A., Pisareva M.M., Moshkin A.D., Komissarov A.B., Danilenko D.M., Lioznov D.A. Genetic diversity of human metapneumovirus (Pneumoviridae: Metapneumovirus) in Russia: results of molecular analysis // Problems of Virology. - 2025. - Vol. 70. - N. 2. - P. 164-176. doi: 10.36233/0507-4088-294

4. Musaeva T, Fadeev A, Pisareva M, Eder V, Ksenafontov A, Korzhanova M, Tsvetkov V, Perederiy A, Kiseleva I, Danilenko D, Lioznov D, Komissarov A. Development of Primer Panels for Whole-Genome Amplification and Sequencing of Human Seasonal Coronaviruses: hCoV-OC43, hCoV-HKU1, hCoV-229E, and hCoV-NL63. Viruses. 2024 Dec 25;17(1):13. doi: 10.3390/v17010013.

5. Mansour O, Fadeev AV, Perederiy AA, Danilenko DM, Lioznov DA, Komissarov AB. Development of Primer Panels for Amplicon Sequencing of Human Parainfluenza Viruses Type 1 and 2. Int J Mol Sci. 2024 Dec 6;25(23):13119. doi: 10.3390/ijms252313119.

6. Stanevich OV, Alekseeva EI, Sergeeva M, Fadeev AV, Komissarova KS, Ivanova AA, Simakova TS, Vasilyev KA, Shurygina AP, Stukova MA, Safina KR, Nabieva ER, Garushyants SK, Klink GV, Bakin EA, Zabutova JV, Kholodnaia AN, Lukina OV, Skorokhod IA, Ryabchikova VV, Medvedeva NV, Lioznov DA, Danilenko DM, Chudakov DM, Komissarov AB, Bazykin GA. SARS-CoV-2 escape from cytotoxic T cells during long-term COVID-19. Nat Commun. 2023 Jan 10;14(1):149. doi: 10.1038/s41467-022-34033-x.

7. Klink, Galya V., Daria Danilenko, Andrey B. Komissarov, Nikita Yolshin, Olga Shneider, Sergey Shcherbak, Elena Nabieva, et al. “An Early SARS-CoV-2 Omicron Outbreak in a Dormitory in Saint Petersburg, Russia.” Viruses 15, no. 7 (June 22, 2023). https://doi.org/10.3390/v15071415

8. Yolshin, Nikita D., Andrey B. Komissarov, Kirill V. Varchenko, Tamila D. Musaeva, Artem V. Fadeev, and Dmitry A. Lioznov. “Detection of the Omicron SARS-CoV-2 Lineage and Its BA.1 Variant with Multiplex RT-qPCR.” International Journal of Molecular Sciences 23, no. 24 (December 18, 2022). https://doi.org/10.3390/ijms232416153.

9. Knyazev, Sergey, Karishma Chhugani, Varuni Sarwal, Ram Ayyala, Harman Singh, Smruthi Karthikeyan, Dhrithi Deshpande, et al. “Unlocking Capacities of Genomics for the COVID-19 Response and Future Pandemics.” Nature Methods 19, no. 4 (April 2022): 374–80. https://doi.org/10.1038/s41592-022-01444-z

10. Komissarov, Andrey, Mariia Sergeeva, Evgenii Zhuravlev, Sergey Medvedev, Anastasia Malakhova, Evgeniya Andreeva, Anna-Polina Shurygina, et al. “CRISPR-Cas9 Mediated Knockout of AnxA6 Gene Enhances Influenza A Virus Replication in Low-Permissive HEK293FT Cell Line.” Gene 809 (January 30, 2022): 146024. https://doi.org/10.1016/j.gene.2021.146024.

11. Klink GV, Safina KR, Garushyants SK, Moldovan M, Nabieva E, Komissarov AB, Lioznov D, Bazykin GA; CoRGI (Coronavirus Russian Genetic Initiative) Consortium. Spread of endemic SARS-CoV-2 lineages in Russia before April 2021. PLoS One. 2022 Jul 20;17(7):e0270717. doi: 10.1371/journal.pone.0270717.

12. Klink, Galya V., Ksenia R. Safina, Elena Nabieva, Nikita Shvyrev, Sofya Garushyants, Evgeniia Alekseeva, Andrey B. Komissarov, et al. “The Rise and Spread of the SARS-CoV-2 AY.122 Lineage in Russia.” Virus Evolution 8, no. 1 (2022): veac017. https://doi.org/10.1093/ve/veac017.

13. Komissarov, Andrey B., Ksenia R. Safina, Sofya K. Garushyants, Artem V. Fadeev, Mariia V. Sergeeva, Anna A. Ivanova, Daria M. Danilenko, et al. “Genomic Epidemiology of the Early Stages of the SARS-CoV-2 Outbreak in Russia.” Nature Communications 12, no. 1 (January 28, 2021): 649. https://doi.org/10.1038/s41467-020-20880-z

14. Danilenko DM, Komissarov AB, Fadeev AV, Bakaev MI, Ivanova AA, Petrova PA, Vassilieva AD, Komissarova KS, Zheltukhina AI, Konovalova NI, Vasin AV. Antigenic and Genetic Characterization of Swine Influenza Viruses Identified in the European Region of Russia, 2014-2020. Front Microbiol. 2021 Apr 15;12:662028. doi: 10.3389/fmicb.2021.662028.

15. Alm, Erik, Eeva K. Broberg, Thomas Connor, Emma B. Hodcroft, Andrey B. Komissarov, Sebastian Maurer-Stroh, Angeliki Melidou, Richard A. Neher, Áine O’Toole, and Dmitriy Pereyaslov. “Geographical and Temporal Distribution of SARS-CoV-2 Clades in the WHO European Region, January to June 2020.” Euro Surveillance : Bulletin Europeen Sur Les Maladies Transmissibles = European Communicable Disease Bulletin 25, no. 32 (August 2020). https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410.

16. Komissarov A., Fadeev A., Kosheleva A., Sintsova K., Grudinin M. Development of a realtime RT-PCR assay for the rapid detection of influenza A(H2) viruses. Mol Cell Probes. 2017. 35: 57-63

17. Komissarov A, Fadeev A, Sergeeva M, Petrov S, Sintsova K, Egorova A, Pisareva M, Buzitskaya Z, Musaeva T, Danilenko D, Konovalova N, Petrova P, Stolyarov K, Smorodintseva E, Burtseva E, Krasnoslobodtsev K, Kirillova E, Karpova L, Eropkin M, Sominina A, Grudinin M. Rapid spread of influenza A(H1N1)pdm09 viruses with a new set of specific mutations in the internal genes in the beginning of 2015/2016 epidemic season in Moscow and Saint Petersburg (Russian Federation) // Influenza Other Respir Viruses. 2016 Jul;10(4):247-53. doi: 10.1111/irv.12389

Патенты

• Патент № 2833687 C1 Российская Федерация, МПК C12Q 1/68, C12Q 1/6876. Панель праймеров для полногеномного секвенирования вирусов парагриппа человека 1 и 2 типа : заявл. 17.07.2024 : опубл. 28.01.2025 / У. Мансур, А. Б. Комиссаров, А. В. Фадеев [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева" Министерства здравоохранения Российской Федерации. – EDN AJSJLB.
• Патент № 2837888 C1 Российская Федерация, МПК C12Q 1/68. Панель праймеров для секвенирования сезонных коронавирусов человека hCoV-HKU1, hCoV-NL63, hCoV-OC43, hCoV-229E : заявл. 26.09.2024 : опубл. 07.04.2025 / Т. Д. Мусаева, А. Б. Комиссаров, А. В. Фадеев [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева" Министерства здравоохранения Российской Федерации. – EDN KGDHRO.
• Набор олигонуклеотидов для полногеномной амплификации респираторно-синцитиальных вирусов типа А и В. Елшин Н.Д., Комиссарова К.С., Комиссаров А.Б., Даниленко Д.М., Лиознов Д.А. Патент РФ № 2811576 от 15.01.2024
• Программа для ЭВМ: VizСoV
  Передерий А.А.
  № 2023681177 от 11.10.2023
• Тест-система на основе полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией для выявления SARS-CoV-2 линии Омикрон с определением субварианта BA.1
  Елшин Н.Д., Варченко К.В., Комиссаров А.Б., Даниленко Д.М., Лиознов Д.А.
  Патент РФ № 2779025 от 20.05.2022
• Тест-система для выявления SARS-CoV-2 линии Омикрон методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией
  Елшин Н.Д., Варченко К.В., Комиссарова К.С., Комиссаров А.Б., Даниленко Д.М., Лиознов Д.А.
  Патент РФ № 2772362 от 19.05.2022
• Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией
  Мусаева Т.Д., Тимофеева М.М., Елшин Н.Д., Фадеев А.В., Комиссаров А.Б., Лиознов Д.А.
  Патент РФ № 2761481 от 08.12.2021